营养不均衡引起的副作用
保健茶通常含有多种植物提取物和矿物质，但它们之间的比例往往不一定适合每个人的体质。长期饮用某些保健茶可能导致营养过剩或缺乏，影响人体内生态平衡。此外，一些保健茶中添加了对人体健康无益甚至有害成分，比如高糖分、食品添加剂等，这些都会增加摄入热量，造成肥胖问题。
药物相互作用风险
保健茶中的成分与服用的药物可能发生相互作用，影响药效或产生副作用。例如，一些抗凝血药物（如华法林）与草本补血剂相结合可能会降低凝血功能，加剧出血风险；而其他一些药品则可能被草本提取素抑制，从而减弱治疗效果。
消化系统负担
不同种类的保健茶因其独特组成，有时会对消化系统造成压力。例如，一些含有较强刺激性的植物提取物，如大黄根、木瓜肉等，它们在没有经过适当调配的情况下摄入，可导致消化道刺激性反应，如腹痛、恶心呕吐等。
代谢失常引发疾病
长期饮用某些特定类型的保健茶还可能引发代谢失常。在某些情况下，它们可以干扰正常的人类代谢过程，尤其是在那些已经存在慢性疾病的人群中，不恰当地调整了身体内环境。这一现象特别是对于那些患有糖尿病、高脂血症或甲状腺问题的人来说，是非常危险和需要谨慎考虑的问题。
依赖心理和行为改变
一部分消费者因为长时间使用某种专门功效明显的保健茶而形成依赖心理，并开始寻求更高效能或者更频繁地使用这些产品来维持所谓“健康状态”。这不仅经济上带来了额外开支，而且也可能伴随着行为上的改变，比如忽视专业医疗建议，从而加深自身健康状况。