祁门红茶的制作工艺精湛，分为初制与精制两大阶段。初制奠定品质基础，而精制则将毛茶转化为上乘品。初制四道工序，精制十几道工序，近十个级别、几十种花色，每一步都极尽考究，为其他红茶所难以比拟，因此祁门红茶又称“祁门工夫红茶”，被誉为中国工夫红茶的代表。
采摘是春夏两季，最佳时间在农历清明后至谷雨前，当时芽叶最嫩最美。以前主要用于制作传统工夫红茶，但近年也开始生产如红毛峰、香螺等花香型紅葉，以早春采一芽、一叶甚至单芽。
萎凋是将鲜叶摊晾，使其水分均匀散失，形成凋谢状态。
揉捻过程中，将萎凋后的叶子搓揉成条状，让细胞破碎，与空气中的氧气接触，为发酵打下基础，同时促进香气形成。
发酵是关键步骤，也是变绿色为红色的决定性过程。在此步骤中，绿色叶子逐渐转变成特有的色、香、味。
烘干通过高温终止酶活性防止过度发酵，同时将水分减至7%以下，便于保存并丰富香气。在这个过程中释放出青草般的低沸点物质和蜜糖般的物质，从而形成独特的果香和蜂蜜般甜味。
经过初制成为熟悉的小小毛茸茸，这些需要进一步加工才能成为商品。这份费时费力的重复工作体现在精制流程中，所以再次经过精心处理后称作“祁门工夫”。
其中包括16道手动操作，其中筛分、打袋、风选拣剔补火官堆等手法细致入微：
筛分：抖筛初始分类。
分筛：更细致地分类不同号头。
打袋：用布袋进行三次打击使大片变小。
风选：通过风扇提升重量较大的部分，使轻质部分浮出。
飘筝撼盘：用于弥补不足，再次挑选轻质黄片或破片。
拣剔：由女士亲自挑选去除杂物和不合格品。
拼配:按比例组合不同号头以保持质量标准。
补火:在装箱前再次加热以散去潮气并改善品质。
官堆:混合均匀各号产品以完成最后装箱前的准备工作。