苦丁茶饮用谨慎须知，尤其在冬春交替之时，当风寒感冒频发，鼻流清涕恶寒无汗时，更应避免温热食物之外，加以苦丁茶的摄入，以免妨碍病情的缓解。对于虚寒体质者，如手脚不温畏寒怕冷，这类人宜食羊肉狗肉等温性食品以调阳散寒，而常喝苦丁茶则有损阴阳，不利于症状改善，甚至可能引起腹痛腹泻等中阳虚损症。
慢性胃肠炎患者更需小心，其脾胃功能虚弱，一旦受凉或吃凉食，便易生腹痛腹泻，苦丁茶将加剧这些症状。老年人和儿童由于脾胃功能尚未健全，也不宜饮用，以免引起消化不良、脘腹冷痛、食少便溏等副作用。
此外，对于经期女性和新产妇来说，苦丁茶同样不可取。月经期间抵抗力下降饮用寒性的咖啡会导致气血凝滞影响月经排出造成痛经，有时甚至影响到月经周期。而对产后母女而言，多吃温补食物是必要的，而苦丁茶既不能促进子宫恢复也不利于脾胃健康，对日后的畏寒怕冷、脘腹冷痛有害。
最后，由于长期饮用苦丁茶对男女生育都有一定影响，《本草纲目拾遗》记载了其绝孕效应，《中国医学大辞典》则指出了它对子宫的凉性，因此建议长期消费者注意调整饮品选择。