在某些情况下，普洱茶可能会因地理位置、气候条件或保存不当而出现发霉现象。若普洱茶发生了这种情况，尤其是严重的霉变，如果健康安全不可忽视，那么最好避免食用。不过，对于轻微的霉变，可以采取以下步骤进行处理：
解决普洱茶发霉问题的方法有三种：
对于生态成分较为纯净的新鲜普洱茶，如果表面出现轻微霉斑，可以使用半潮湿且干净无异味的布料，将发霉部分清洁并移至通风良好的环境中保持干燥。每天定时检查并清理一次，并将其置于通风处，避免阳光直射或过度炒制，每隔一段时间（约半个月到一个月）后，这些小瑕疵逐渐消失。
若是已经经过熟化处理的普洱熟茶遇到发霉的问题，最有效的一种方式是在竹编篮中放入打散后的熟茶团块，然后将其放在具有良好通风和干燥环境的地方，每天翻动几次，以促进空气流动和水分蒸发。在一定周期（通常需要半个月至一个月）的自然条件下，许多毛躁感就会消失。
如果经过以上两种方法后仍然无法完全去除香味上的污染或者感受到异味，那么可以根据原材料品质来决定是否继续保存。如果使用的是高质量大树类产品，如待雨季结束之后，它们可能会自然恢复；但对于普通、中等质量以及价格相对较低的大众普洱则可能考虑重新选择更优质产品以保证饮用体验。
