过度消化导致胃肠道不适
普洱茶含有较多的纤维素和膳食纤维，这些物质在人体内难以被完全消化，长时间摄入可能会对胃肠道造成压力，引起腹泻、腹痛、恶心等症状。尤其是对于那些已经存在胃肠道疾病的人群来说，更应该谨慎饮用。
影响口腔卫生
普洱茶中含有的高浓度的咖啡因和酸性物质可以侵蚀牙 enamel（牙釉质），长期饮用可能导致牙齿敏感甚至蛀牙。此外，普洱茶中的某些成分也可能与口腔细菌产生化学反应，从而影响口腔内部环境，对口腔卫生产生不利影响。
增加尿酸血症风险
研究表明，普洱茶中的咖啡因、高氯酸盐和其他成分都有助于提高尿酸水平。这对于已经存在慢性关节炎或结核病患者来说，是一个潜在的风险，因为尿酸过高会增加发生急性关节炎或者结核复发的风险。
引起血糖波动
尽管普洱茶是一种低热量饮料，但它所含有的特定成分如可溶性纤维素等，有时会与食物一起进餐，使得身体吸收更多糖类，从而引起血糖水平波动，对于糖尿病患者或预防糖尿病的人群来说，这是一个需要注意的问题。
对皮肤造成刺激作用
一些人喝了普洱茶后发现皮肤出现红斑、瘙痒等不良反应，这主要是因为某些人的皮肤对其中的一些化学成分过敏。另外，一部分个体由于肌肉紧张或手部振动，在品尝过程中容易出现脸部肌肉抽搐现象，这同样也是对皮肤刺激的一个表现。