祁门红茶的制作工艺精湛，分为初制与精制两大阶段。初制奠定品质基础，而精制则将毛茶转化为上乘品。初制四道工序，精制十几道工序，经过近十个级别和几十种花色，每一环节都需不懈重复、倾心致力，为其他工夫红茶所难以匹敌，因此祁门红茶又被称作“祁门工夫红茶”，更是中国工夫红茶的代表。
采摘
祁门红茶采摘通常在春夏季节进行，最理想的是清明后至谷雨前。这时期，新芽叶最嫩也最美观。原先全用于加工工夫红茶，现在还包括了制作如红毛峰、香螺等花香型的新品种，对采摘标准有所调整，使其更加细腻，有时候甚至单独采一芽或一叶。
萎凋
采得的鲜叶首先经历萎凋过程，将水分均匀散失，让叶片变软枯萎，这是形成条状形态的第一步。
揉捻
揉捻过程类似揉面，是将萎凋后的叶子搓揉成条状，同时破坏细胞，加速发酵，为后续烘干打下基础，并促进特有的香气生成。
发酵
发酵是关键步骤，也是决定性过程。在这个阶段，绿色的毛茶逐渐转变成深色的熟tea，以此形成独特的颜色、香气和味道。
烘干
最后的工作便是烘干，以高温终止发酵，控制水分保留，在保存和发展香气方面起着重要作用。在烘焙中释放青草气体，同时糖类与氨基酸反应产生蜜糖香气，以及果香花香物质，从而塑造出祁门特有的“花果蜜”的风味特色。
经过初制处理后的产品称为“毛茸”（red tea），但这还需要进一步精心处理才能成为市场上的商品。因为生产中的每一步都极尽考究，最费周折的地方就在于这一系列精确操作，所以这种经过了严格挑选并且多次过滤出的高品质产品，又被尊称为“祁门工夫”。