苦丁茶的适用须谨慎，非所有时刻皆宜。冬春之交，风寒易发，对于恶寒无汗、鼻流清涕者，宜食温热之品，如生姜荆芥，以驱散体内寒邪。此时饮苦丁茶，不利于风寒的宣散，也可能妨碍感冒的康复。
对于虚寒体质之人，他日常畏冷不耐，便宜服羊肉狗肉等温性食物以暖阳散寒。若长期饮用苦丁茶，其阴寒过重，将损伤阳气，不利于改善虚寒症状，或致腹痛腹泻等中阳虚损证。
慢性胃肠炎患者多脾胃虛弱，一受凉或食凉物，便生腹痛腹泻，苦丁茶将加剧这些症状。而老少皆然，年迈者脾胃衰退，小儿尚未健全，都不宜饮用，恐生消化不良、脘腹冷痛、食少便溏。
更有甚者，是月经初期及产后女性，此时抵抗力低下饮取苦丁茶，可引起气血凝滞、经行不畅，或至月经失调；即便非月经期间也应少量飲用，以免养成习惯。而产后新母身体柔弱，更需温补食品；苦丁茶却伤害脾胃，为日后畏冷疼痛埋下隐患。
久饮苦丁茶对男女怀孕亦有害，《本草纲目拾遗》载其绝孕，《中国医学大辞典》指其凉子宫。故望长期飲此者留意！
