苦丁茶的适用须谨慎，尤其在冬春之交，当风寒感冒频发时，生姜荆芥等温热食材更为宜助体内驱寒。此时饮苦丁茶则不利于病情缓解。

虚寒体质者常手足无力畏寒，宜食羊狗肉以温阳散寒。长期饮苦丁茶可能损伤内阳，不利于改善虚寒症状，有时还可能引腹痛腹泻。

慢性胃肠炎患者多脾胃虚弱，一旦受凉或吃凉性食物易腹痛腹泻。苦丁茶会加剧这些症状。老少皆然，脾胃功能减退或尚未健全者饮用亦有消化不良、冷痛、食少便溏之忧。

月经失血的女性和产后疲惫的人群，更应避免此类饮品。月经期间喝下冰凉的苦丁茶容易导致气血凝滞、排血不畅引起痛经，有时甚至影响月经调理。而常有痛经者，即使非经期，也应减少其摄入。此外新生子母虽需要恢复，但喝下这类药酒伤及脾胃，将来恐难以愈合。

久远以来，《本草纲目拾遗》指出它绝孕，《中国医学大辞典》记载它能令子宫清涼，此乃对男女繁育系统的潜在威胁。因此望一切人慎重使用此药，以免后患无穷。